В состав организационного отдела входят: сектор организационной работы (заведующий - Мария Андреевна Вьюгина) и сектор по вопросам государственной службы и кадров (заведующий - Ольга Владимировна Вафина).
Совместно с аудиторами и структурными подразделениями Счетной палаты отдел готовит аналитические, информационные и справочные материалы о результатах контрольно-ревизионной, экспертно-аналитической и иных видах деятельности Счетной палаты, организует работу по формированию годового и текущих планов работы, годового отчета о работе Счетной палаты, подготовку заседаний Коллегии и совещаний Счетной палаты, осуществляет организационно-техническое обеспечение деятельности Межведомственного координационного совета по вопросам государственного финансового контроля в Республике Татарстан.

Отдел осуществляет взаимодействие со Счетной палатой Российской Федерации, Советом контрольно-счетных органов при Счетной палате Российской Федерации, Союзом муниципальных контрольно-счетных органов России, контрольно-счетными органами субъектов Российской Федерации.

Отдел обеспечивает взаимодействие с контрольно-счетными органами муниципальных образований республики,осуществляет организационно-техническое и информационно-аналитическое обеспечение деятельности Совета контрольно-счетных органов Республики Татарстан, оказывает методическую и информационную поддержку муниципальным контрольно - счетным органам.

Сектор по вопросам государственной службы и кадров создан с целью качественного формирования кадрового состава на конкурсной основе, эффективного подбора и расстановки кадров для замещения должностей государственной гражданской службы в Счетной палате Республики Татарстан, организации исполнения законов Российской Федерации и Республики Татарстан о государственной гражданской службе.