На Коллегии отмечалось, что координация деятельности федеральных министерств и ведомств по выработке и реализации государственной политики в авиационной промышленности и гражданской авиации нуждается в совершенствовании. Не приняты федеральные авиационные правила. Не утверждено Положение о лицензировании перевозок воздушным транспортом пассажиров и грузов. Не ведутся реестры федеральных авиационных правил и правил использования воздушного пространства. Выдача лицензий осуществляется не на вид деятельности, как это предусмотрено действующим законодательством, а на маршрут. В 2005-2006 гг. регистрация гражданских воздушных судов велась при отсутствии правил госрегистрации.
Как следует из материалов Коллегии, предусмотренные Стратегией развития авиационной промышленности до 2015 г. показатели на 2006 г. по поставкам основных типов гражданских самолетов не выполнены. Достигнуты не все цели, определенные Основами политики Российской Федерации в области авиационной деятельности на период до 2010 г. В 2004-2005 гг. происходило падение объемов промышленного производства в авиационной промышленности. Стратегия развития не предусматривает создания дальних магистральных самолетов, не учитывает потребности регионов в малой авиации, не предусматривает развития авиадвигателестроения.
Проверка показала, что не все бюджетные средства, выделенные в 2000-2005 гг. на поддержку гражданской авиации, были использованы эффективно и по целевому назначению. Имели место значительные неиспользованные остатки бюджетных средств. В 2005 году из 8,45 млрд. рублей, выделенных на поддержание и развитие аэропортов, освоен лишь 61 процент, при этом 91 процент неиспользованных средств предназначался для реконструкции аэропорта г.Сочи.